Sidewinder shkurton kohën e sintezës së ADN-së

Një metodë e re për shkrimin e ADN-së, e quajtur Sidewinder, premton të çlirojë potencialin e inteligjencës artificiale gjenerative në biologji, duke ofruar shkencëtarëve një mënyrë të shpejtë, të përballueshme dhe të saktë për të ndërtuar në mënyrë fizike sekuenca të reja gjenetike që modelet parashikuese prodhojnë më shpejt se sa mund të ndërtohen tradicionalisht. Teknikë e re që mund të bashkojë dhjetëra sekuenca gjenetike në të njëjtën provë, Sidewinder arrin një gabim të vetëm në çdo 10 milion ngjarje montimi, një nivel saktësie që tejkalon në mënyrë të ndjeshme metodat konvencionale, të cilat gabojnë rreth një herë në çdo 10‑30 bashkime.

Thomas Gorochowski, bioinxhinier në Universitetin e Bristolit, e përshkruan këtë zhvillim si “një ndryshim i thellë”, duke shtuar se metoda e re mundëson sintezën e sistemeve të mëdha gjenetike, madje edhe të genomave të vegjël, dhe se kjo është “shumë e rëndësishme për të gjitha aplikimet e AI-së që po dalin tani rreth sekuencave gjenerative të genomit”. Prezantimi i metodës u bë në SynBioBeta 2026 në San Jose, Kaliforni, dhe është detajuar në një preprint në bioRxiv, duke adresuar një nga sfidat më të vështira të kërkimit modern të gjenomikës: ndërtimi i shpejtë dhe ekonomik i ADN-së së gjatë.

Në një demonstrim konkret, ekipi i udhëhequr nga biologu sintetik i Caltech-ut, Kaihang Wang, përdori Sidewinder për të ndërtuar nga e para një sekuencë ADN prej 12 500 shkronjash të genomit të E. coli, e cila ishte riprojektuar nga mjeti AI Evo 2. Sipas Brian Hie, biologu kompjuterik nga Stanford që ka zhvilluar Evo 2, një projekt i tillë do të zgjaste më shumë se një muaj me metodat komerciale tradicionale, ndërsa me Sidewinder mund të përfundojë në disa ditë. Për të komercializuar teknologjinë, Wang, Hie, Noah Robinson dhe Adrian Woolfson kanë krijuar kompaninë Genyro.

Sidewinder bazohet në një strategji sinteze ADN-je që u prezantua në Nature në fillim të vitit, por me kapacitet shumë më të madh falë një algoritmi të ri që automatizon pjesën më të kërkuar kompjuterike të procesit dhe përmirësimeve laboratorike në menaxhimin e përbërësve të thjeshtë. Kjo lejon prodhimin e konstrukteve ADN më të mëdha dhe më të shumta në të njëjtën kohë, duke hapur perspektiva në fushat e zbulimit të ilaçeve, ruajtjes së të dhënave dhe projektimit të organizmave sintetike. Sipas Gorochowski, “ritmi me të cilin mund të fillojmë të eksplorojmë këto gjëra tani është hapur në masë të jashtëzakonshme”.

Për të kuptuar se si funksionon Sidewinder, duhet të kalohet në mënyrën tradicionale të sintezës së ADN-së, e cila nis me oligonukleotide të shkurtër të prodhuara kimikisht. Por, në vend të përzierjes së masive të oligo-ve që shpesh çon në gabime, Sidewinder i shton çdo fragmenti një kod të veçantë molekular, i cili garanton që fragmentet të lidhen vetëm me fqinjët e tyre të duhur, duke formuar një “nyje tre‑drejtëshe” që eliminohet pastaj pa lënë gjurmë. Kjo metodë eliminon nevojën për hapa të ndërlikuar të ndarjes dhe redukton ndjeshëm koston dhe kohën e prodhimit.